1991年，「國立海洋生物博物館」籌備處正式成立，篳路藍縷的規劃建設工作於焉展開…，歷經無數的努力與挫折，於民國89年2月25日完成「台灣水域館」開館，從此正式朝向國際海洋教育與研究的無限領域邁開腳步。 　 在館務多功能性的思考下，除了教育、學術、保育層面的提昇外，「國立海洋生物博物館」亦朝向社區性、娛樂性、國際性…等全方位的領域拓展；同年七月，館中之水族館部門，在甄選後委由「海景世界企業股份有限公司」負責專業經營管理。此舉，不僅開創國立社教單位首宗委外經營的案例，更徹底落實分工的合作理念。 　國立海洋生物博物館繼「台灣水域館」、「珊瑚王國館」開幕之後，結合水族館及全數位影像化的方式，介紹涵蓋全球水域、古海洋的「世界水域館」，透過先端科技的整合展示古代海洋、海藻森林、深海水域、極地水域等四大主題。使來訪的人們在虛擬和實體結合的情境營造中，達到寓教於樂的參觀體驗。「國立海洋生物博物館」不僅將成為國際級首屈一指的博物館，並將為中華民國在跨世紀的海洋教育、研究、展示方面，寫下最耀眼的一章。

　　國立海洋生物博物館位於屏東縣車城鄉，西臨蔚藍的台灣海峽，東傍72公尺高的龜山，全區規劃面積合計為96.81公頃，其中博物館區規劃興建 35.81 公頃，而週邊綠地與服務設施區（如停車場、遊客服務中心）則佔地60餘公頃。建築配置可區分為：博物館（台灣水域、珊瑚王國、世界水域三大主題展示館、行政與教學中心，由一共同大廳串連而成）、水族實驗中心、服務設施、研究大樓、維護設施、國際會議中心以及學研中心等數個主要建築區。

　座落山水之間的博物館，整體規劃理念主要以展現「水」的精神與特性為主，以低密度的建築開發，分散機能相異的建築物並以步道相連接，維持了與原有自然環境的和諧關係。